Además de su primordial finalidad extensionista, cuyo objetivo es transmitir conocimiento geológico y mineralógico a la sociedad, el museo es ámbito de investigación científica y de formación de recursos humanos, donde trabajan investigadores, becarios y doctorandos de distintas instituciones estatales, y donde realizan sus trabajos finales de grado estudiantes universitarios.
Las temáticas de investigación se relacionan especialmente con la mineralogía, la metalogénesis de yacimientos minerales y la petrogénesis de rocas ígneas.
Paralelamente, el Museo presta servicios de asesoramiento técnico de identificación de minerales y rocas, y dispone de una biblioteca especializada cuyos volúmenes pueden ser consultados en el lugar. También es el seno de la organización de cursos de postgrado y de disertaciones académicas.