El Centro de Zoología Aplicada desarrolla investigaciones tendientes a encontrar soluciones en problemas referidos al uso sustentable y conservación de la fauna y flora autóctonas, entre las que se encuentran especies amenazadas y de utilidad comercial. Asimismo, se encuentra abocado al manejo de especies plaga y de interés médico. Dentro de sus objetivos también se encuentra la formación de especialistas en temas de manejo y conservación de la vida silvestre y áreas relacionadas, a través de docencia de grado, posgrado y perfeccionamiento.
La Institución funciona como centro consultivo en las áreas de su especialidad frente a instituciones públicas y privadas, y procura la integración de entidades que investigan en disciplinas afines, con el fin de colaborar con los proyectos y actividades de organismos provinciales y nacionales.
Consciente de la importancia de mantener un vínculo entre la Universidad y las necesidades del medio en el que se inserta, el Centro de Zoología Aplicada mantiene un programa de difusión y extensión en constante expansión. Este programa se estructura a través de publicaciones periódicas y material de divulgación. A su vez, la institución dicta actividades como talleres de capacitación que tienen como objetivo la capacitación de grupos en temas específicos de interés público, como son los bomberos y la patrulla ambiental, entre otros, y además para las escuelas primarias, secundarias y terciarias el Centro de Zoología ofrece audiovisuales educativos.
